Yumurtalık MYO 2547 Sayılı Kanun’un 2880 sayılı Kanun’la değişik 7/d-2 maddesi uyarıca, 19.02.2000 tarihinde yapılan Yüksek Öğretim Kurumu yürütme kurulu toplantısında iki programla kurulması kararlaştırılmıştır. İktisadi ve İdari Programlar Bölümünde Turizm ve Otelcilik, Teknik Programlar Bölümünde Su Ürünleri, Petrokimya Seracılık ve Bahçe Kültürleri programıyla açılmıştır.

Yumurtalık MYO’nun ilk mezun öğrencileri 2003-2004 Eğitim Öğretim Yılında Seracılık ve Su Ürünleri programlarından olmuştur. Aktif olarak Seracılık, Su Ürünleri ve Turizm ve Otel İşletmeciliği Programlarında Eğitim Öğretim faaliyetlerini devam ettiren Yumurtalık MYO’da 2012 2013 Eğitim Öğretim Yılında Motorlu Araçlar Ve Ulaştırma Teknolojileri Bölümü ve bu bölüme bağlı Su Altı Teknolojisi Programı, Bitkisel ve Hayvansal Üretim Bölümüne bağlı Organik Tarım Programı açılmıştır. 2012-2013 eğitim öğretim yılında Seracılık Programı ve 2013-2014 eğitim öğretim yılından itibaren YÖK kararı ile Su Ürünleri Programı’na öğrenci alınmamaktadır.

Yumurtalık MYO’da 2015-2016 eğitim öğretim yılında Dış Ticaret Bölümü ve bu bölüme bağlı Dış Ticaret Programı açılmıştır. Yumurtalık MYO Dış Ticaret, Organik Tarım, Sualtı ve Turizm ve Otel İşletmeciliği Programları olmak üzere 4 aktif programda eğitim öğretim faaliyetlerine devam etmektedir.

Yumurtalık MYO 2017-2018 eğitim öğretim yılında 3 amfi ve 16 derslik, 15 laboratuvar ve öğrenci kantini olan 7.000 m² kapalı alana sahip olan Yumurtalık MYO yeni hizmet binasında faaliyetlerine devam etmektedir.